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Le génome de la truite arc-en-ciel séquencé

22/04/2014 11:22 EDT | Actualisé 22/06/2014 05:12 EDT

Une équipe majoritairement française a séquencé le génome de la truite arc-en-ciel, un poisson très répandu dans les piscicultures et sur les étals des poissonniers, apportant un nouvel éclairage sur l'évolution des génomes des vertébrés.

C'est la première fois que le génome d'un poisson de la famille des salmonidés (saumons et truites) est séquencé.

Le génome de la truite arc-en-ciel présente une particularité intéressante pour les scientifiques : il a subi une "duplication complète" relativement récente.

Une duplication complète de génome correspond à "un doublement soudain du contenu en chromosomes", a expliqué à l'AFP Yann Guiguen, de l'Institut national de la recherche agronomique (Inra) de Rennes, qui a coordonné l'analyse du génome de la truite. Elle peut servir "comme moteur pour l'évolution".

"Rares chez les vertébrés", ces événements ont cependant façonné profondément le contenu et la structure de leurs génomes, y compris celui de l'Homme. Le problème est qu'ils se sont produits il y a des centaines de millions d'années et que les traces de la réorganisation qui a suivi se sont complètement perdues.

"L'intérêt de la truite, c'est qu'on a une duplication plus récente, datée à 100 millions d'années", a souligné Yann Guiguen.

L'analyse de son génome a montré un résultat "assez surprenant", a ajouté le chercheur, puisqu'"on retrouve parfaitement les deux génomes issus de la duplication".

Ce résultat remet en cause l'hypothèse communément admise selon laquelle une duplication complète d'un génome implique une évolution rapide de sa structure et de son contenu en gènes : des gènes se perdent, tandis que d'autres peuvent évoluer vers de nouvelles fonctions.

Le génome de la truite arc-en-ciel, publié mardi dans la revue Nature Communications, comporte quelque 46.500 gènes fonctionnels (codant pour des protéines). Les chercheurs estiment que le génome ancestral, avant duplication, devait en contenir environ 31.400.

Après duplication, un certain nombre de gènes sont devenus inactifs, mais sont toujours présents dans le génome, sous forme de "pseudogènes" ou "cadavres de gènes", pour reprendre l'expression de Yann Guiguen.

Le "taux d'inactivation" est évalué à 170 gènes par million d'années depuis la duplication. Pour Yann Guiguen, cela montre que le processus de réorganisation post-duplication "est probablement beaucoup plus lent que ce qu'on pensait".

Pour leurs travaux, les chercheurs ont utilisé des truites arc-en-ciel (Onchorhynchus mykiss) fournies par l'Université d'Etat de Washington.

Originaire d'Amérique du Nord, la truite arc-en-ciel est aujourd'hui élevée sur tous les continents. Le séquençage de son génome ouvre aussi des perspectives importantes pour l'aquaculture.

vm/fa/fm

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