L'élevage industriel sera-t-il responsable des pandémies du 21e siècle?

Les super bactéries nous envahissent. Sournoisement, elles infectent de plus en plus d'entre nous, causant chaque année la mort de plusieurs centaines de milliers de personnes qui auraient pu être soignées par des antibiotiques il y a à peine une décennie. En avril 2013, le Centre pour le contrôle et la prévention de la maladie du Department of Health and Human Services des États-Unis publiait un rapport dans lequel il déclarait que le phénomène de l'antibiorésistance constitue l'une des menaces les plus sérieuses à la santé publique mondiale.

De l'Institut Pasteur à l'Organisation mondiale de la santé (OMS), tous les organismes de salubrité de la planète s'entendent pour déplorer l'usage inapproprié des antibiotiques, accessibles souvent sans prescription dans des pays comme l'Inde, ou encore prescrits sans raison par des médecins négligents. L'absorption d'antibiotiques a en effet deux conséquences directes : elle élimine certaines bactéries utiles à l'organisme tout en amenant celles visées par le médicament à évoluer pour s'y adapter. Or, un usage abusif accélère cette évolution.

Des super bactéries transmissibles d'une espèce à l'autre

L'un des secteurs qui consomment le plus d'antibiotiques est l'élevage industriel. Les antibiotiques y sont utilisés pour guérir les animaux malades, mais aussi à titre préventif pour compenser les réactions aux conditions malsaines dans lesquelles ces derniers sont élevés, comme le stress et la vulnérabilité aux maladies découlant de la trop grande promiscuité.

Ils sont aussi employés pour stimuler la croissance depuis que les éleveurs de volailles ont découvert après la Seconde Guerre mondiale que certains composés de tétracycline pouvaient avoir cet effet lorsque mélangés aux aliments. En fait, l'utilisation mondiale d'antibiotiques pour l'élevage industriel dépasse de loin celle de la consommation humaine. Selon les données disponibles en 2011, on estime ainsi qu'environ 73% des antibiotiques vendus aux États-Unis ont été ingérés par les animaux d'élevage, soit l'équivalent de 13,6 millions de kilos contre 3,49 par les humains.

En sus des souffrances indues causées aux animaux, les effets négatifs de l'élevage industriel sur l'environnement comme la contamination de l'eau par le fumier, la dégradation de la qualité de l'air et la consommation excessive de ressource alimentaires et énergétiques sont bien connus. Ce n'est toutefois que depuis une dizaine d'années que des scientifiques ont fait le lien entre l'absorption systématique d'antibiotiques par les animaux d'élevage et l'apparition de «super-bactéries», pouvant survivre aux plus puissants antibiotiques. En 2004, des médecins hollandais ont ainsi découvert le Staphylococcus aureus dans l'organisme d'un bébé vivant dans une ferme. La souche 398 de cette bactérie lui avait été transmise par les cochons élevés à proximité.

En dépit des dénégations de l'industrie, de nombreuses études démontrant la forte probabilité de la transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques des animaux d'élevage aux humains ont été menées depuis en Europe et en Amérique du Nord. Parmi celles-ci on peut en citer deux, publiées en 2010 dans la revue mBio; l'une décrivant la corrélation entre le pourcentage de cochons et de fermiers canadiens contaminés par la souche 398 du staphylocoque doré et l'autre concernant la similarité entre la souche retrouvée chez les porcs d'élevage industriel et dans le corps d'une adolescente morte d'une pneumonie.

Or, non seulement ces bactéries immunisées contre les antibiotiques peuvent se transmettre d'une espèce à l'autre, mais des analyses soutiennent que la souche ST5, qui décime les poulets, et la souche 398 seraient d'origine humaine. Suivant ce raisonnement, S. aureus 398 aurait donc acquis son immunité en élevage intensif après que des humains aient contaminé les cochons nourris aux antibiotiques, et avant d'être transmise à nouveau aux humains.

Ces super bactéries peuvent se retrouver par ailleurs dans la viande vendue aux consommateurs. Selon une étude de 2010 publiée dans le Clinical Infectious Diseases, 47% des viandes de mammifères et d'oiseaux échantillonnées dans cinq villes américaines ciblées contenaient du S. aureus résistant aux antibiotiques. En France, où les antibiotiques sont interdits pour stimuler la croissance des animaux, l'UFC-Que Choisir, un organisme de défense des consommateurs, a publié ce mois-ci des résultats d'analyse d'une centaine d'échantillons de viande de poulet et de dinde vendus dans les grandes surfaces, les marchés, et les boucheries françaises. Résultat, 61% d'entre eux étaient porteurs de bactéries résistantes à une ou plusieurs familles d'antibiotiques, dont 23% à des antibiotiques critiques, utilisés en médecine humaine en dernier recours pour des pathologies graves : les céphalosporines de 3e et 4e générations et les fluoroquinolones.

Au Canada, comme ailleurs en Amérique du Nord, la fiabilité du système de production repose sur la diligence de l'entreprise, qui a le devoir de s'inspecter elle-même. Les scandales de viande contaminée causés en 2009 et 2012 par Maple Leaf Foods et XL Foods, ont mis en lumière les «lacunes inacceptables» du processus d'auto-inspection et l'indolence de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA). Les consommateurs de viande canadiens ne peuvent donc s'estimer mieux protégés qu'ailleurs.

Un usage systématique dans l'industrie canadienne

L'Union européenne a interdit en 2006 la prescription d'antibiotiques pour stimuler la croissance des mammifères et des oiseaux. Au Canada et aux États-Unis, cette pratique demeure toutefois courante.

En mars 2012, dans l'affaire Natural Resources Defense Council vs. Food and Drug Administration, la Cour fédérale du district sud de New York a même dû contraindre la Food and Drug Administration (FDA) à réviser sa décision d'approuver l'utilisation de pénicilline et de tétracycline pour des fins non thérapeutiques dans l'élevage des animaux destinés à l'abattoir. Ce jugement survenait après que la FDA ait annoncé en décembre 2011 qu'elle renonçait à déterminer si cette utilisation est nocive pour la santé publique. En décembre 2013, la FDA dévoilait par contre un plan de réduction des antibiotiques dans les élevages industriels. Ce plan encouragerait les producteurs à cesser d'utiliser les antibiotiques pour stimuler la croissance des animaux et obligerait qu'ils soient prescrits par des vétérinaires plutôt que gérés par des vendeurs de produits agricoles. Rien n'empêcherait toutefois les vétérinaires de donner des ordonnances en série, sans auscultation périodique des animaux.

Au Canada, où l'industrie suit sensiblement les mêmes pratiques qu'aux États-Unis, le Québec est, en vertu de la Loi sur les médecins vétérinaires, la seule province où les antibiotiques doivent être administrés sur ordonnance médicale. Santé Canada a par ailleurs mis sur pied le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) et doit en théorie soumettre à moyen terme une proposition pour le contrôle des antibiotiques, mais les organismes de santé provinciaux ignorent actuellement tout de la teneur des orientations du comité de travail.

À ce stade, même une interdiction de l'utilisation d'antibiotiques à des fins non thérapeutiques comme en Europe ne suffit pas. Dans le meilleur des mondes, les gouvernements canadiens et américains coordonneraient leurs efforts pour présenter un plan d'action général, inspiré notamment des recommandations de 2008 de la Pew Commission on Industrial Farm Animal Production. Ce plan consisterait à resserrer le contrôle médical sur la prescription d'antibiotiques dans l'élevage industriel et à en améliorer la traçabilité, notamment par l'instauration de registres des médicaments vendus par les compagnies pharmaceutiques et de répertoires gouvernementaux sur les antibiotiques insérés dans la nourriture et l'eau fournie aux animaux. Il assurerait également le suivi des maladies ayant frappé chaque animal destiné à la consommation humaine. Surtout, il remettrait en cause le système du confinement intensif des animaux, une aberration éthique et environnementale qui demeure la raison fondamentale de l'utilisation des antibiotiques à fin préventive. On peut toujours rêver...

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