À compter du 14 décembre 2012, les utilisateurs de Yahoo! Messenger ne pourront plus dialoguer avec les comptes Windows Live Messenger. D'autres fonctionnalités du logiciel doivent être progressivement abandonnées.
La fin de l'interopérabilité entre les deux logiciels de messagerie instantanée est la conséquence de l'abandon de Windows Live Messenger et de la migration de l'ensemble de ses profils vers Skype, annoncé au mois de novembre.
D'autres fonctionnalités seront également bientôt abandonnées, comme les salons de discussion et le module de messagerie exportable Pingbox, avant la fin de l'année, ou encore la voix sur IP, en janvier 2013. Il ne sera donc plus possible de téléphoner vers des lignes (fixes ou mobiles) depuis le logiciel.
Dès lors, difficile d'imaginer que Yahoo! puisse continuer à développer son logiciel de messagerie instantanée sans ces nombreuses fonctionnalités. Actuellement en pleine restructuration depuis sa reprise en main par Marissa Mayer (ex Google), Yahoo! pourrait proposer, à terme, sa propre alternative à Skype.