Le fumier des vaches, souvent utilisé comme engrais aux Etats-Unis, contient un nombre élevé de nouveaux gènes de bactéries résistantes aux antibiotiques provenant de l'intestin de ces ruminants, ce qui représente un danger potentiel pour les humains, indique lundi une recherche.
Cette étude émet la possibilité que ces nouveaux gènes puissent être transférés aux bactéries qui se trouvent dans le sol où sont cultivées les récoltes, notamment des légumes, craignent les auteurs de ces travaux parus dans mBio, la revue en ligne de la Société américaine de microbiologie (ACM).
Des milliers de gènes résistants aux antibiotiques ont déjà été identifiés mais la très grande majorité se trouvent dans des bactéries inoffensives. La grande crainte est que ces gènes apparaissent dans des agents pathogènes responsables d'intoxications alimentaires ou d'infections nosocomiales.
"Dans la mesure où il existe un lien entre les gènes résistant aux antibiotiques, des bactéries existant dans l'environnement et des bactéries se trouvant en milieu hospitalier, nous avons cherché à savoir quels types d'agents pathogènes se retrouvaient dans la nature via le fumier utilisé comme engrais", explique Fabienne Wichmann, une chercheuse de l'Université de Yale (Connecticut, nord-est), co-auteur de cette étude.
Pour ce faire, ces scientifiques ont traqué et séquencé les gènes présents dans cinq échantillons de fumier de vaches laitières. Ils ont identifié 80 gènes résistant aux antibiotiques, qui sont uniques.
Certains de ces mêmes gènes étaient présents dans une souche de laboratoire de la bactérie Escherichia coli, responsable d'intoxications alimentaires et d'infections urinaires, et qui, dans ce cas, était résistante à l'un des quatre types d'antibiotiques: les bêta-lactamines comme la pénicilline, les aminoglycosides, la tétracycline ou le chloramphénicol.
Environ 75% des 80 gènes résistant aux antibiotiques identifiés avaient un lien de parenté éloigné avec les gènes résistants déjà connus.
Les auteurs ont également mis au jour une nouvelle famille complète de gènes qui confèrent une résistance aux antibiotiques chloramphénicol, utilisés pour traiter des infections respiratoires du bétail.
"Mais ces gènes sont différents en termes d'évolution de ceux déjà répertoriés contenant en grande partie des gènes résistants aux antimicrobiens trouvés en milieu hospitalier", souligne le Dr Jo Handelsman, professeur de biologie moléculaire à l'Institut Howard Hughes, qui a dirigé cette recherche.
"Cela pourrait être une bonne nouvelle dans le sens que les gènes conférant une résistance aux antibiotiques provenant des bactéries se trouvant dans l'intestin de la vache ne posent pas pour le moment de danger pour les humains", selon elle.
Mais, relève la biologiste, l'autre possibilité serait que "les nouveaux gènes résistants trouvés dans le fumier de vache" se retrouvent un jour dans la population humaine.
Des recherches ont déjà montré que des bactéries sont directement transmises par contact des animaux de ferme aux humains qui s'en occupent.
Le transfert de gènes entre micro-organismes qui ne sont pas apparentés se produit dans la plupart des environnements où se trouvent des bactéries.
Certaines bactéries dans le fumier pourraient être pathogènes pour les humains, et si elles devenaient résistantes aux antibiotiques cela pourrait poser un sérieux problème sanitaire, expliquent les chercheurs.
Ils rappellent que 70% des antibiotiques utilisés aux Etats-Unis sont destinés aux animaux d'élevage.
Après des décennies d'inaction, les Etats-Unis avaient dévoilé fin 2013 un plan d'action pour éliminer l'usage de certains antibiotiques dans l'élevage, où ils sont utilisés surtout pour doper la production de viande au risque d'accroître la résistance microbienne à ces médicaments.
Deux millions de personnes par an contractent une infection résistante aux antibiotiques aux Etats-Unis et 23.000 en meurent, selon les autorités sanitaires.
js/sam